生物工程系是学院开设的新型特色系部，建系以来，通过多年的不断探索和发展，专业建设、师资队伍、科研水平、校企合作得到迅速发展。现开设有食品生物技术、绿色食品生产技术、食品检验检测技术三个专业。
我系拥有一支结构合理、业务能力强、富有敬业精神和团队合作意识的师资队伍，现有教职工共13人，其中博士1人，硕士研究生5人，“千人计划”1人，“西部之光访问学者”1人，“双师型”教师比例达60%，聘请企业兼职专家教授5人。创建名师工作室1个。
为满足“技能型”人才培养需求，建有分析天平室、理化检验实验室、显微镜实训室、微生物实训室、食品工艺实训室、食品仿真实训室、发酵产品工艺实训室、色谱分析实训室等多个实训室，并与海西州农畜产品质量安全检验检测中心、海西州市场监督管理局、德令哈市农畜产品质量安全检验检测中心、德令哈市市场监督管理局、德令哈市巴音河西村村集体、青海柴垦巴音河农场有限责任公司、青海小西牛生物乳业股份有限公司、青海塞奇食品有限公司、中国科学院西北高原生物研究所、南京（杭州、天津）顶益食品有限公司、亿滋食品（苏州）有限公司等多家企业合作共建岗位实习和就业基地。
近年来，生物工程系根据省、州产业发展规划，依托区域资源优势，主动适应经济发展和行业需求，以立 德树人为根本，以服务发展为宗旨，以促进就业为导向，以“崇德精技、创新求异”的育人理念，培养具有 德、智、体、美、劳全面发展的特色生物产业技术技能人才，为地方经济发展赋能添力。
